Основан в 1764 году в связи со строительством Новотроицкого Холуницкого (Белохолуницкого) железоделательного завода. Строительство завода требовало много рабочей силы. С этой целью будущий владелец завода Савва Яковлев купил несколько сотен крепостных крестьян в Новгородской и Вологодской губерниях. Полагают, что именно по этой причине, у жителей Белой Холуницы до сих пор проскальзывает в разговорной речи «окающий» выговор, характерный для Вологодской губернии. 6 сентября 1764 года состоялось торжественное перекрытие реки и сооружение первой деревянной плотины. Впоследствии Белохолуницкий пруд неоднократно углубляли и расширяли[3].
В 1767 году рядом с рекой Белой Холуницей возвели деревянную Холуницкую-Троицкую церковь.
В 19-м веке центр Холуницкого горонозаводского округа. Работали женская школа кружевниц, школа плетения из ивы (корзины, дорожные сундуки, мебель). В 1861 году было завершено строительство крупной церкви Воскресения Христова, просуществовавшей до 1962 года. Сохранились здания, построенные в 1890-х годах[4].
В 1928 году населенный пункт получил статус поселка городского типа с названием Белохолуницкий.
С 1928 года по 1960-е годы на плотине работали две турбины гидроэлектростанции, производившие элетроэнергию для нужд поселка и завода.
В годы Великой Отечественной войны в здании Белохолуницкого педагогического техникума располагался эвакогоспиталь № 1149, в котором проходили лечение советские бойцы и командиры.
В 1952 году в здании техникума была открыта Белохолуницкая средняя школа № 2.
В 1965 году по указу властей поселок городского типа преобразовали в город Белая Холуница.
В 2007 году маломощную Белохуницкую ГЭС восстановили и ввели в эксплуатацию.
В 2009 году на берегу городского пруда установили мемориальную плитку и каменную стелу с якорем, найденным на дне водоёма в 2005 году.
Таким образом, нельзя считать, что название Белая Холуница появилось благодаря чьему-то волевому акту. Оно образовалось, исходя из объективных законов имятворчества, и является истинно народным. А время его существования составляет более двухсот лет.